حسب تسمية الهيكل التنظيمي تنضوي شعبة المالية تحت المعاونية الإدارية للكلية وتقسم حسب الوحدات التالية :
1 ) وحدة الموازنة :
أ ) تقوم وحدة الموازنة بتنظيم مستندات الصرف بما تحتويه من معاملات الصرف بعد موافقة السيد العميد والإدخالات المخزنية وتنظيم صكوك الاستقطاعات الشهرية من سلف الموظفين وسلف الإسكان . وتنظيم مستندات القيد الخاصة بالتسويات القيدية وقيد غلق الصندوق وتنظيم مستندات جاري الفروع الخاصة بإشعارات المصرف وتمويلات المخصصة للكلية .كما تقوم وحدة الموازنة بإعداد موازين المراجعة الشهرية الخاصة بالكلية وإعداد جداول المصروفات بما فيها من مصروفات وتخصيص الكلية .
وتقوم وحدة الموازنة إعداد تحاليل شهرية لحسابات السلف والأمانات والإيرادات الخاصة بالكلية ومطابقة كشف المصرف وإرسالها الى رئاسة جامعة بغداد / قسم الشؤون المالية .
ب ) تقوم وحدة الموازنة بترحيل مستندات الصرف والقيود التي تم ذكرها في سجلات اليومية العامة ومطابقتها شهرية وترحيل المصروفات من المستندات وترحيل الموازنة العامة من التخصيصات الى سجلات التخصيصات ومطابقتها شهريا وترحيل الايرادات والسلف والامانات والدائنون الى السجلات المختصة واعداد كشوفات بالميزانية العامة.
2 ) وحدة الرواتب :
أ ) تقوم وحدة الرواتب باحتساب الرواتب لمنتسبي الكلية على الملاك الدائم والمتمثلة بالراتب الاسمي ومخصصات الخدمة الجامعية والشهادة والمنصب والزوجية والأولاد واللقب العلمي والخطورة ومساهمة التقاعد الحكومية .
كما تقوم وحدة الرواتب بالاستقطاعات الشهرية والمتمثلة بضريبة الدخل والرواتب غير المستحقة واستقطاعات الرعاية الاجتماعية وصندوق إسكان الموظفين وسلف الموظفين وتنظيم الصكوك الخاصة بها وإرسالها الى المصارف المعنية
ب ) تقوم وحدة الرواتب باستقطاع التوقيفات التقاعدية وإرسال الصك بعد تصديقه في كل شهر الى هيئة التقاعد الوطنية .
ج ) تقوم وحدة الرواتب بترحيل قوائم الرواتب الى سجلات الرواتب .
3 ) وحدة أمانة الصندوق :
تقوم وحدة صندوق كلية طب الكندي باستقطاع مبالغ غير مستحقة وأمانات المنتسبين واستقطاعات الضرائب بوصولات قبض ويتم إيداعها لدى مصرف الرافدين /فرع جامعة بغداد في حسابنا 9195 واستلام فيشة الإيداع مصدقة من قبل المصرف . ثم يتم ترحيل الفيش ووصولات القبض في سجلات صندوق كلية طب الكندي .
4 ) وحدة السجلات :
تقوم وحدة السجلات بترحيل كافة مستندات الصرف والقيود ووصولات القبض في سجلات اليومية والتخصيصات والرواتب والأمانات والسلف والدائنون وسجلات التوحيد ومطابقتها الشهرية
5 ) وحدة التجهيزات :
تقوم وحدة التجهيزات بتجهيز الفروع والأقسام بالأثاث والكهربائيات والأجهزة الطبية والقرطاسية التي شراءها مسبقا وحسب احتياجات الكلية ويتم إدخال المواد المشتراة مخزنيا وإخراجها حسب موافقة السيد العميد واحتياج الفروع وترحيل المواد أعلاه في السجلات المخزنية وتحديد رصيد الكلية من الأثاث والكهربائيات والأجهزة الطبية وفصل الأثاث الصالح للاستعمال من المستهلك ويتم جرد المواد أعلاه في نهاية السنة من قبل لجان خاصة .
ويتم استرجاع الأثاث والمواد المستهلكة في مخازن خاصة (مخزن مستهلك ) وإرجاعها حسب موافقات خاصة عن طريق شعبة الصيانة بعد الكشف عليها وبيان ضررها وإمكانية استعمالها او تصليحها او تحويلها الى مخزن المستهلك (لجان الشطب ) ومفاتحة الجامعة بالمواد المراد شطبها او مفاتحة الورش الفنية في الجامعة لغرض تصليح او سحب مواد طابعية او أجهزة استنساخ ووفق لجان خاصة حسب تعليمات جامعة بغداد .
كما تقوم وحدة التجهيزات بإدخال المواد المهداة او المعادة الى الكلية وفق سجلات خاصة وإخراجها للجهة المستفيدة .